1.加强农业生态环境保护工作，承担现代农业发展规划和农业绿色发展有关工作，指导农业农村节能减排和现代绿色生态农业发展。监督管理农村生活污水治理设施建设和人居环境综合整治，改善农村人居环境，统筹推进生态宜居美丽乡村建设。

　　2.指导畜牧业调整优化结构布局，推进规范化、标准化养殖和畜禽养殖废弃物资源化利用。指导渔业产业结构、布局调整和标准化工作，指导渔业水生态环境及水生野生动植物保护监督管理渔业、渔港和渔船，加快推进渔船更新改造。

　　3.负责耕地及永久基本农田质量保护。协助开展农产品产地土壤环境质量的调查、农产品产地土壤污染事故的调查处理和应急管理，对土壤污染状况调查表明污染物风险管控相关标准或产出的农产品污染物含量超标的耕地，组织开展重点监测和污染风险评估，组织建立耕地土壤环境质量分类档案，指导受污染土壤的环境风险管控。牵头实施农田生态保护补偿制度，制订合理利用社会资金进行生态修复的政策措施，提出备选项目。

　　4.加强农业投入品监督管理，完善农药废弃包装物和废弃农膜回收体系。指导、推进农作物秸秆综合利用和病死动物无害化处理。指导农村可再生能源开发利用、节能减排、农业清洁生产和生态循环农业建设。加强饮用水水源地农药化肥监管，防治农业面源对水质造成影响，结合土地利用调整情况促进饮用水源地保护区内农业种植逐步退出。

　　5.负责农业植物新品种保护，牵头管理外来物种，指导农业生物物种资源的保护与管理。

　　6.负责动物防疫以及与动物有关的实验室及其实验活动的生物安全监督等工作。

　　7.推广使用符合生态环境要求的农用非道路移动机械，推动老旧农业机械报废更新工作，配合梅州市生态环境局五华分局监督检查。

　　8.负责组织对突发生态环境事件造成的农业、渔业资源破坏进行评估，配合开展相关生态修复。

　　9.落实中央和省环境保护督察交办涉职能的生态环境保护案件。